Naruto, Sakura e Kakashi recebem a notícia de Kiba dizendo que Danzou se tornou Hokage e declarou Sasuke como fugitivo. Sakura e Naruto procuram Sai para falar de Danzou mas Sai responde porque estava preso ao Tsukuyomi na lingua e diz que seria impossível falar de Danzou, mas enfrenta o time Samui. Karui revela que Sasuke se aliou a Akatsuki e sequestrou Killer Bee, que deixa Sakura entristecida, mas Naruto diz que precisam de Killer Bee vivo por ser um Jinchuuriki, porque Naruto também é um. O time Samui o pede para acompanhá-los, enquanto Sai vai atrás. Madara revela a Sasuke que falhou na missão de capturar Killer Bee.

O time Samui aborda Naruto e pede para que fale de Sasuke, mas Naruto pensa em Jiraiya, de quando Shikamaru tinha dito quando pensava quando ainda o considerava como um membro da folha, da luta que tinha com Sasuke e Pain, da promessa de Sakura em trazer Sasuke e como resposta Naruto diz de que não poderia falar de Sasuke por ser membro da folha e como resposta descarregasse seu ódio nele. Karui ouvindo aquilo, o castiga espancando ipiedosamente, mas Sai aparece e responde dizendo de que não deveria sofrer por causa de Sasuke, mas Naruto pede para não intervir. Omoi pede para parar de castigar Naruto e diz acreditar nele e que estava de acordo de que não revelaria de Sasuke e se retiram. Naruto pede para chamar Kakashi, Sai solicita a presença de Sakura, mas Naruto diz que não porque não queria preocupá-la tanto. Kakashi vai até onde está Naruto, conversam do quarto Hokage e de Madara e pretendem ir para o País da Nuvem. Madara ordena o Zetsu para conduzir Sasuke até a conferência dos 5 Kages. Danzou designou Fuu Yamanaka e Torune Aburame a acompanhar na conferência dos 5 Kages.

Konohamaru e Naruto fazem um plano de distração para despistar os ninjas de Danzou, mas Kakashi os engana usando um genjutsu. Kakashi pede para Sai mandar uma pista falsa para Danzou, mas Sai reluta dizendo que não confiam nele, mas Kakashi sorri dizendo que confia nele e também por ser membro do time 7. Os Kages de todas as vilas aparecem para irem para o País da Nuvem. Yamato vigia o time Samui para saber se faria algum movimento. O time 7, Kakashi, Naruto e Yamato partem de Konoha. Durante a viagem, o time Samui descobre que o time 7 os seguiu, eis que surge o Raikage Kira A.

Kakashi fala de que Naruto queria fazer um pronuncionamento, Naruto aparece e implora a Raikage para que não mate Sasuke, mas o Raikage responde dizendo que mataria Sasuke e por ser fugitivo. Raikage e seu grupo foi embora e Naruto passa mal. Todos os 5 Kages se reúnem para dar o veredito. Os kages decidem criar uma aliança entre as Cinco Nações para acabar com a akatsuki, e o líder do País do Ferro Mifune decide que o Hokage Danzou será o líder dessa aliança. Sai reflete de um diálogo que teve com Naruto quando pergunta a ele se realmente gosta de Sakura mas Naruto reluta dizendo como deveria dizer o que realmente sente se demonstra ser incapaz de cumprir a promessa tinha feito a ele há 3 anos e decide ir a tenda para falar de Naruto a Sakura.

Os times 8, 9 e 10 se reunem para saber que posição deveriam tomar sobre Sasuke. Ino chora ao saber que Sasuke é declarado como fugitivo enquanto Shikamaru ia procurar Naruto e Sakura para saber que medida tomar em relação ao Sasuke. Ao percebe que Danzou estava manipulando Mifune e percebe um inúmero de Sharingans em seu braço direito e um deles em seu olho direito é o Sharingan de Uchiha Shisui. Sai conta a Sakura que Naruto, Yamato e Kakashi foram para o País da Nuvem para achar um jeito de que Raikage e Sasuke não se enfrentem e também fala dos sentimentos de Naruto por Sakura, que a deixa entristecida. Shikamaru fala de que os times 8, 9 e 10 iria se encarregar de Sasuke para que não cause uma guerra entre as outras aldeias. Perplexa do que acabou de ouvir e por ter causado o sofrimento de Naruto, Shikamaru pergunta do Naruto, mas Sai responde dizendo que ele foi junto de Yamato e Kakashi para o País da Nuvem para convencer o Raikage para que não mate Sasuke, mas Sakura fala de que ela própria falaria com Naruto. No País da Nuvem, Madara aparece no País da Nuvem para conversar com Naruto.

Madara é cercado por Yamato e Kakashi, e então ele fala da lenda do sábio Rikudou Sennin, ancestral de Nagato e também existiam dois candidatos a herdar o segredo dos seis caminhos, um era Madara e o outro era um dos ancestrais de Tsunade, Hashirama. Como Madara queria conseguir o segredo dos seis caminhos a todo custo, seu sucessor seria Hashirama, mas como Hashirama recusou ficar com o segredo do seis caminhos, é nomeado o Hokage da folha. Madara odiando a idéia, enfrenta o Hashirama, como Shodaime até o Vale do Fim, mas é derrotado. Mais uma vez tenta sua invasão a Konoha usando Kushina, não mencionada e também mãe de Naruto e esposa de Minato, o Yondaime Hokage, mas o próprio Yondaime frustra os planos de Madara quando Madara tinha em mente usar a Jinchuuriki para liberar a Kyuubi e destruir Konoha. Madara menciona de que seu amigo Sasuke não existe mais e o que o move é seu ódio, como também entra na Akatsuki e muda o nome de Hebi para Taka. Naruto diz que é mentira o que diz mas Madara diz que não estava mentindo. Kakashi pergunta se o que chamam de Tobi era Madara, mas Madara responde dizendo de que esse não era o lugar apropriado para acertarem as diferenças. Logo no País da Nuvem, Juugo enfrenta o pelotão samurai, mas Sasuke os engana com um genjutsu. Durante a reunião, Gaara pergunta se eles venceram, mas o Raikage sente uma pertubação no conselho e vai investigar, que derruba a parede. Raikage foi comprovar o que era e descobre que na verdade era Sasuke. O Chidori e o relâmpago de Raikage começam a se colidir.

Os times 7, 8, 9 e 10 se reunem, mas sem o Naruto, porque estava sob custódia de Yamato e Kakashi, mas Sakura pede para não dizer o que aconteceu em Konoha e pede para Rock Lee e Kiba para acompanhá-la, mas Sai também resolve acompanhá-la, porque também era membro do time 7. Kiba se queixava porque Ino só apenas chorava, enquanto invejava Sakura porque se preparava para enfrentar o pior. Sasuke e Raikage mediam suas forças, mas Sasuke revela seu Sharingan hexagonal e libera o Susanoo e usa o Amaterasu, que faz o Raikage descartar de seu braço esquerdo. Sasuke leva a luta até o conselho. Gaara fica perplexo com a mudança de Sasuke, e menciona do Naruto quando disse que iria levá-lo de volta para Konoha, mas Sasuke responde dizendo que aquele antigo Sasuke estava morto e que somente o ódio o movia. Começa a luta entre Sasuke e os 5 Kages.

Com a destruição causada por Sasuke, os 5 Kages e seus guarda-costas ajudam a evitar uma tragédia causada pelas ações de Sasuke. Danzou aproveita a confusão para fugir, mas Ao o segue. Durante a luta, Mei o encurrala, mas Sasuke aproveita para fugir com a distração do time Taka. Durante a confusão, Tsuchikage o abate, mas acaba sendo salvo por Madara. Madara exige que entregue o Hachibi e a Kyuubi.

Madara afirma dizendo que precisaria dos 9 Bijuus para trazer a Juubi, restaurar seus poderes para aplicar o Tsukuyomi na lua cheia e somente Madara seria o regente desse mundo. Os 5 Kages eram contra a política de Madara e decidem enfrentá-lo, mas Madara responde dizendo de que esse não era o lugar adequado para acertarem seu acerto de contas, declara guerra e desaparece levando Sasuke e Karin, mas Suigetsu e Juugo ficam para trás. Sasuke e Karin foram levados em alguma outra dimenção para curar os ferimentos de Sasuke. Naruto reflete das últimas palavras de Madara e resolve entrar no modo Sennin para ver Sasuke para comprovar se tudo o que Madara dizia era verdade. Yamato e Kakashi trabalham nos reparos da cabana causado pela luta entre eles e Madara. Depois de Naruto ter conseguido atingir no modo Sennin, Sakura, Rock Lee, Kiba e Sai chegam ao País da Nuvem e o interrompe quando Naruto tinha quase atingido o modo Sennin. Sakura fala que quer conversar com Naruto.