Quando era adolescente, profundamente perturbada, Nikita (Maggie Q), foi resgatada do corredor da morte por uma agência secreta dos EUA, conhecida apenas como Divisão, que a treinou como uma espiã e assassina. Nikita acabou por ser traída pelas pessoas que só ela pensou que poderia confiar. Agora, depois de três anos na clandestinidade, Nikita está buscando vingança e deixando claro que seu ex-patrão, Percy (Xander Berkeley) e seus ex-amigos Michael (Shane West") e Birkhoff (Aaron Stanford), que ela vai parar em nada para expor e destruir sua operação secreta a Divisão que continua a recrutar e treinar outros jovens, entre eles, Jaden (Tiffany Hines) e Thom (Ashton Holmes), apagando todas as provas de suas vidas anteriores e transformando-os em assassinos frios e eficientes. Uma destas novas recrutas, Alex (Lyndsy Fonseca) é uma bela garota com um passado violento e não uma história tão diferente de Nikita. Todos os recrutas passam parte de seu treinamento com Amanda (Melinda Clarke), uma mestra manipuladora, que pode transformar qualquer patinho feio em um cisne e qualquer coração sangrando em um assassino.

Percy (Xander Berkeley) e Michael (Shane West) assumiram a sua última missão, um líder eslavo procurado por crimes de guerra, em prisão preventiva. Nikita (Maggie Q) descobre seu esconderijo e as tentativas de frustrar o seu plano, mas um misterioso grupo de mercenários em busca de material nuclear a espancá-la na tarefa. Alex (Lyndsy Fonseca) é ativada antes do esperado para uma missão especial que a lança no fogo cruzado de balas. Um flashback revela um momento crucial na vida da Nikita. Melinda Clarke, Aaron Stanford, Ashton Holmes e Tiffany Hines também estrelam.

Percy (Xander Berkeley) e Michael (Shane West) assumiram a sua última missão, um líder eslavo procurado por crimes de guerra, em prisão preventiva. Nikita (Maggie Q) descobre seu esconderijo e as tentativas de frustrar o seu plano, mas um misterioso grupo de mercenários em busca de material nuclear a espancá-la na tarefa. Alex (Lyndsy Fonseca) é ativada antes do esperado para uma missão especial que a lança no fogo cruzado de balas. Um flashback revela um momento crucial na vida da Nikita. Melinda Clarke, Aaron Stanford, Ashton Holmes e Tiffany Hines também estrelam.

Nikita (Maggie Q) mergulha em seu passado, quando ela posou como uma babá para um influente funcionário do governo e decide consertar o errado de sua morte. Durante a missão, Michael (Shane West) chega para resgatar Nikita e começa a duvidar dos motivos de Percy (Xander Berkeley). De volta à divisão, enquanto em formação de base, Alex (Lyndsy Fonseca) sofre um ataque de pânico que leva Amanda (Melinda Clarke) desfaze-la de claustrofobia. Aaron Stanford, Tiffany Hines e Ashton Holmes também estrelam.

Um ônibus cheio de recrutas da divisão é atacado por terroristas que sequestram Alex (Lyndsy Fonseca) e Thom (Ashton Holmes), ambos os quais não sabem que este é um teste da Divisão. Percy (Xander Berkeley), Michael (Shane West) e Amanda (Melinda Clarke) vêem como Alex é torturado. Alex se solta e contata Nikita (Maggie Q) para obter ajuda. Enquanto isso, Nikita ganhou confiança de Owen (Devon Sawa) e ele revela uma notícia devastadora para Nikita sobre seu noivo. Aaron Stanford e Tiffany Hines também estrelam.

Os segredos da Divisão estão em risco de serem revelados ao mundo quando Owen (ator convidado Devon Sawa), um agente da Divisão, escapa de um assalto a banco e se torna um fugitivo. Percy (Xander Berkeley) decide procurar por si próprio Owen, que faz Michael (Shane West) suspeitar de seus motivos. Nikita (Maggie Q) e Owen se juntam cabeça-a-cabeça até que Percy se junta a eles para um tenso impasse. Alex (Lyndsy Fonseca) se infiltra na sala de Percy para avisar Nikita, mas é presa por Thom (Ashton Holmes) e os dois dividem um momento íntimo. Aaron Stanford, Melinda Clarke e Tiffany Hines também estrelam.

Atentados suicidas - Alex (Lyndsy Fonseca) informa Nikita (Maggie Q) que um dos recrutas foi ativado para realizar uma missão suicida. Nikita intercepta a recruta apenas como Michael (Shane West) chega, e os tiros de câmbio dois lados. Enquanto isso, dentro dos muros de divisão, outro recruta decide atacar os guardas, criando o caos em massa. Xander Berkeley, Aaron Stanford, Melinda Clarke, Ashton Holmes e Tiffany Hines também estrelam.

Divisão envia Thom (Ashton Holmes) para eliminar Anna (atriz convidada Rayisa Kondracki), uma mulher que estava tendo um caso secreto com um senador dos EUA (ator convidado Spencer Garrett). A Divisão acorda para encobrir qualquer vestígio do caso enquanto o senador concorda em ajudar a aprovar uma lei que vai continuar a financiar a agência. Nikita (Maggie Q), com a ajuda de Alex (Lyndsy Fonseca), faz tentativas para chegar aos pais de Anna, mas a conversa não sai como ela esperava. Shane West, Xander Berkeley, Melinda Clarke, Aaron Stanford e Tiffany Hines também estrelam.

Owen (Devon Sawa) vê o vazamento de informações secretas de caixas-pretas da Divisão para a mídia, revelando que o Governo dos EUA foi responsável por um assassinato, no Chile. Como resultado, Percy (Xander Berkeley) e quadros da CIA, envia o agente Ryan (ator convidado Noah Bean) para o crime. Nikita (Maggie Q) e Owen vão ao Chile para salvar Ryan de mercenários e assim acabam sendo capturados. Nikita revela os segredos da Divisão de Ryan em um esforço para salvar todas as suas vidas. De volta para dentro da Divisão, Alex (Lyndsy Fonseca) espiona Percy e Birkhoff (Aaron Stanford) e testemunha um lado de Percy que ela nunca viu antes. Shane West, Tiffany Hines e Ashton Holmes também estrelam.

Nikita (Maggie Q) e Michael (Shane West) temporariamente se equipam até matar um terrorista que assassinou a família de Michael há muitos anos. Quando Percy (Xander Berkeley) descobre essa informação, ele envia agentes da Divisão para matar Nikita, que acaba por comprometer a missão, que levam à captura de Michael pelo grupo terrorista. Alex (Lyndsy Fonseca) é apanhada a atravessar prontuários dentro da Divisão, para que ela cria uma mentira que envolve Jaden (Tiffany Hines) e quase sopra sua tampa. Melinda Clarke, Aaron Stanford e Ashton Holmes também estrelam.

Alex (Lyndsy Fonseca) informa Nikita (Maggie Q) que a divisão irá mandá-la em sua primeira missão para matar o líder de um sindicato do crime. Alex está preocupada com tirar a vida de alguém, mas é tranquilizada por Nikita que insiste em ajudá-la com a ordem de matar. Birkhoff (Aaron Stanford) informa Percy (Xander Berkeley) e Michael (Shane West), quando ele descobre que o programa shell que uma toupeira da Divisão tem vindo a utilizar para se conectar a Nikita no mundo exterior. Quando a missão não sai como planejado, Nikita toma uma decisão rápida, em um esforço para limpar o nome de Alex. Dentro Divisão, Jaden (Tiffany Hines) tenta revelar Alex como a toupeira, mas Thom (Ashton Holmes) etapa e um acidente chocante limpa o nome dela.

Agora uma agente, Alex (Lyndsy Fonseca) recebe um novo apartamento e é dado um trabalho de cobertura. Ela conhece seu novo vizinho Nathan (ator convidado Thad Luckenbill), que a convida para uma festa em sua casa. Nikita (Maggie Q) avisa Alex sobre se envolver demasiadamente com pessoas mas Alex luta entre suas funções na Divisão e viver uma vida normal. Nikita percebe que a Divisão implantou um chip na cabeça de matar Alex e se prepara para ganhar o controle do chip. Enquanto interrogam Birkhoff (Aaron Stanford), Nikita atordoa Ryan (ator convidado Noah Bean), revelando um segredo. Shane West também estrela.